大悟与麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵……

　　公元794年，日本桓武天皇时期，京都长冈被其胞弟早良亲王怨灵诅咒，天灾人祸不断。桓武天皇被迫迁都平安京，由此开启四百年平安时代序幕。彼时权贵内部斗争激烈，人民生活疾苦，世间因此怨灵丛生，人、鬼与怪

「超能力开发研究所」突然遭到无数不明生命体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。 混乱中，原本在研究所中被实验的超能力者小雷（10岁）与纱绫香（12岁）趁隙逃了出来。 数月之后，不明生命体的政击再度出现，

　　人山人海的东京车站，角落里轻轻拔枪，面带笑容的杀手淬然倒在屋顶的十字架旁。　　“格路德”，日本头号杀手组织，排名第三的皆月美有树人称“野良猫”，以身穿黑色和服，腰带饰有金边黑猫而得名。皆月生性孤僻

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三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生，并不断地产生自己的婴儿期，婴儿期的超恶魔兽通过手机、电脑等入侵现实世界，在现实世界形成数码蛋，最后超恶魔兽出现在现实世界，连最强的奥米加兽被打败。。。。