正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手